Bioinformatika: Béda antara owahan

Konten dihapus Konten ditambahkan
Top4Bot (parembugan | pasumbang)
éjaan, replaced: bagéan → pérangan (3), sakwéné → suwéné (2)
Top4Bot (parembugan | pasumbang)
Larik 29:
caatgggcaac
 
''Sequence alignment'' arupa métodhe dhasar ing analisis sekuens. Métodhe iki digunakaké kanggominangka nyinaoni [[évolusi]] sekuens-sekuens saka leluhur sing padha (''common ancestor''). Ora cocoké (''mismatch'') ing ''alignment'' diasosiasikaké kanthi prosès [[mutasi]], éwadéné kasenjangan (''gap'', tandha "–") diasosiasikaké kanthi prosès insersi utawa delesi. ''Sequence alignment'' mènèhi [[hipotèsis]] marang prosès [[évolusi]] sing dumadi ing sekuens-sekuens kasebut. Umpamané, loro sekuens ing conto ''alignment'' ing ndhuwur bisa dadi évolusi saka sekuens sing padha "ccatgggcaac". Ing kaitané karo bab iki, ''alignment'' uga bisa nedahaké posisi-posisi sing dipertahankan (''conserved'') suwéné évolusi ing sekuens-sekuens [[protein]], sing nedahaké yèn posisi-posisi kasebut bisa dadi wigati kanggo struktur utawa fungsi protein kasebut.
 
Saliyané iku, ''sequence alignment'' uga dipigunaaké kanggo nggolèki sekuens sing mèmper utawa padha ing [[basis data]] sekuens. BLAST ya iku métodhe ''alignment'' sing asring dipigunaaké ing panlusuran basis data sekuens. BLAST migunakaké algoritma [[heuristik]] ing panyusunan ''alignment''.
 
Sapérangan métodhe ''alignment'' liya sing ndhisiki BLAST ya iku métodhe "Needleman-Wunsch" lan "Smith-Waterman". Métodhe Needleman-Wunsch digunakaké kanggominangka nyusun '''''alignment'' global''' ing antarané loro utawa luwih sekuens, ya iku ''alignment'' kanggo sadawané sekuens kasebut. Métodhe Smith-Waterman ngasilaké '''''alignment'' lokal''', ya iku alignment kanggo pérangan-pérangan njero sekuens. Kaloro métodhe kasebut nerapaké [[pamrograman dinamik]] (''dynamic programming'') lan mung efektif kanggo ''alignment'' rong sekuens ('''''pairwise alignment''''')
 
Clustal ya iku program bioinformatika kanggo ''alignment'' multipel ('''''multiple alignment'''''), ya iku ''alignment'' sapérangan sekuens sisan. Loro varian utama Clustal ya iku [http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ ClustalW] lan [http://bips.u-strasbg.fr/en/Documentation/ClustalX/ ClustalX].