Bioinformatika: Béda antara owahan

Konten dihapus Konten ditambahkan
Top4Bot (parembugan | pasumbang)
ganti isi, replaced: sing → kang (45)
Top4Bot (parembugan | pasumbang)
→‎Prédhiksi struktur protéin: ganti isi, replaced: adhedhasar → dhedhasar (5)
Larik 41:
=== Prédhiksi struktur protéin ===
[[Gambar:Hemagglutinin molecule.png|thumb|right|Modhèl protéin hemaglutinin saka [[virus]] [[influensa]]]]
Sacara kimia/fisika, wangun struktur [[protéin]] didungkap kanthi [[kristalografi sinar-X]] utawa kanthi [[spektroskopi NMR]], nanging rong métodhe iki banget ngentèkaké wektu lan rélatif larang. Sauntara iku, métodhe [[sekuensing]] protéin rélatif luwih gampang ndungkap [[sekuens]] [[asam amino]] protéin. Prédhiksi struktur protéin ngupaya ngramalaké struktur telung dhimènsi protéin adhedhasardhedhasar sekuens asam aminoné (kanthi tembung liya, ngramalaké struktur tersier lan struktur sékundhèr adhedhasardhedhasar struktur primer protéin). Lumrahé, métodhe prédhiksi struktur protéin kang ana saiki bisa dikategoriaké dadi rong golongan, ya iku métodhe pamodhèlan protéin komparatif lan métodhe pamodhèlan ''de novo''.
 
'''Pamodhèlan protéin komparatif''' (''comparative protéin modelling'') ngramalaké struktur sawijining protéin adhedhasardhedhasar struktur protéin liya kang wis dingertèni. Salah siji panrapan métodhe iki ya iku '''pamodhèlan homologi''' (''homology modelling''), ya iku prédhiksi struktur tersier protéin adhedhasardhedhasar pepadhan struktur primer protéin. Pamodhèlan homologi didhasaraké ing [[téyori]] yèn rong protéin kang [[homolog]] duwé struktur kang mèmper banget siji lan sijiné. Ing métodhe iki, struktur sawijining protéin (ingaran protéin target) ditemtokaké adhedhasardhedhasar struktur protéin liya (protéin templat) kang wis dingertèni lan duwé kamèmperan sekuens karo protéin target mau. Saliyané iku, panrapan liya pamodhèlan komparatif ya iku '''''protéin threading''''' kang didhasaraké ing kamèmperan struktur tanpa kamèmperan sekuens primèr. Latar wingking ''protéin threading'' ya iku struktur protéin luwih dikonservasi tinimbang sekuens protéin suwéné évolusi; laladan-laladan kang wigati kanggo fungsi protéin dipertahankan strukturé. Ing pandekatan iki, struktur kang paling kompatibel kanggo sawijining sekuens asam amino dipilih saka kabèh jinis struktur telung dhimènsi protéin kang ana. Métodhe-métodhe kang kagolong ing ''protéin threading'' ngupaya nemtokaké tingkat kompatibilitas mau.
 
Ing pandekatan '''''de novo''''' utawa ''ab initio'', struktur protéin ditemtokaké saka sekuens primèré tanpa mbandhingaké karo struktur protéin liya. Ana akèh kamungelan ing pandekatan iki, umpamané kanthi nirokaké prosès panglipetan (''folding'') protéin saka sekuens primèré dadi struktur tersieré (umpamané kanthi simulasi [[dinamika molekular]]), utawa kanthi optimisasi global fungsi ènergi protéin. Prosedur-prosedur iki luwih mbutuhaké prosès komputasi kang intens, saéngga saiki mung dipigunaaké nalika nemtokaké struktur protéin-protéin cilik. Sapérangan usaha wis dilakokaké kanggo ngatasi kakurangan sumber daya komputasi mau, umpamané kanthi [[superkomputer]] (umpamané superkomputer [[Blue Gene]] [http://www.research.ibm.com/bluegene/] saka [[IBM]]) utawa [[komputasi kadistribusi]] (''distributed computing'', umpamané proyèk [http://folding.stanford.edu/ Folding@home]) uga [[komputasi grid]].