Révisi kala 15 Oktober 2018 01.49 besut Top4Bot (parembugan \| pasumbang) Bot 352.737 suntingan ganti isi, replaced: asam → asem (18) ← Besutan sadurungé		Révisi kala 17 Oktober 2018 03.59 besut wurungaké Top4Bot (parembugan \| pasumbang) Bot 352.737 suntingan ganti isi, replaced: arupa → wujud (3) Besutan sawisé →
Larik 12: == Panrapan utama bioinformatika == === Basis data sekuens biologis === Selaras kaliyan jinis informasi biologis kang disimpen, [[basis data]] sekuens biologis bisa ~~arupa~~wujud basis data primer kanggo nyimpen sekuens primer [[asem nukleat]] utawa [[protéin]], basis data sékundhèr kanggo nyimpen motif sekuens [[protéin]], lan basis data struktur kanggo nyimpen data struktur protéin utawa asem nukleat. Basis data utama kanggo sekuens [[asem nukleat]] saiki ya iku [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html GenBank] (Amérika Sarékat), [http://www.ebi.ac.uk/embl/ EMBL] (Éropah), lan [http://www.ddbj.nig.ac.jp/ DDBJ] (''DNA Data Bank of Japan'', [[Jepang]]). Katelu basis data mau makarya bebarengan lan ijol-ijolan data saben dina kanggo njaga kawiyaran cakupan saben basis data. Sumber utama data sekuens asem nukleat ya iku submisi langsung saka periset individual, proyèk sekuensing [[genom]], lan pandaftaran [[paten]]. Isi saliyané sekuens asem nukleat, entri ing basis data sekuens asem nukleat lumrahé ngandhut informasi ngenani jinis asem nukleat ([[DNA]] utawa [[RNA]]), jeneng [[organisme]] sumber asem nukleat mau, lan pustaka kang ana kaitané karo sekuens asem nukleat mau. Larik 18: Sauntara iku, conto sapérangan basis data wigati kang nyimpen sekuens primer protéin ya iku [http://pir.georgetown.edu/home.shtml PIR] (''Protein Information Resource'', Amérika Sarékat), [http://au.expasy.org/sprot/ Swiss-Prot] (Éropah), lan [http://www.ebi.ac.uk/trembl/ TrEMBL] (Éropah). Katelu basis data mau wis digabungaké ing [http://www.ebi.uniprot.org/index.shtml UniProt] (kang dana mligi saka Amérika Sarékat). Entri ing UniProt ngandhut informasi ngenani sekuens protéin, jeneng organisme sumber protéin, pustaka kang ana kaitané, lan komentar kang lumrahé isiné panjlasan ngenani fungsi protéin mau. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ '''BLAST'''] (''Basic Local Alignment Search Tool'') ~~arupa~~wujud perkakas bioinformatika kang gumandhéng raket karo panggunaan basis data sekuens biologis. Panlusuran BLAST (''BLAST search'') ing basis data sekuens mungelaké èlmuwan kanggo nggolèki sekuens asem nukleat uga protéin kang mèmper karo sekuens tinentu kang diduwèni. Bab iki migunani umpamané kanggo nemu [[gen]] sajenis ing sapérangan [[organisme]] utawa kanggo mriksa kaabsahan asil [[sekuensing]] uga kanggo mriksa fungsi gen asil sekuensing. [[Algoritma]] kang ndhasari makarya BLAST ya iku panyejajaran sekuens. [http://www.rcsb.org/pdb/ PDB] (''Protein Data Bank'', Bank Data Protein) ya iku basis data tunggal kang nyimpen modhèl struktural telung dhimènsi [[protéin]] lan [[asem nukleat]] asil panemton eksperimental (kanthi [[kristalografi sinar-X]], [[spektroskopi NMR]] lan [[mikroskopi èlèktron]]). PDB nyimpen data struktur minangka [[koordinat telung dhimènsi]] kang nggambaraké posisi [[atom]]-atom ing njero protéin utawa asem nukleat. Larik 29: caatgggcaac ''Sequence alignment'' ~~arupa~~wujud métodhe dhasar ing analisis sekuens. Métodhe iki minangka nyinaoni [[évolusi]] sekuens-sekuens saka leluhur kang padha (''common ancestor''). Ora cocoké (''mismatch'') ing ''alignment'' diasosiasikaké kanthi prosès [[mutasi]], éwadéné kasenjangan (''gap'', tandha "–") diasosiasikaké kanthi prosès insersi utawa delesi. ''Sequence alignment'' mènèhi [[hipotèsis]] marang prosès [[évolusi]] kang dumadi ing sekuens-sekuens mau. Umpamané, loro sekuens ing conto ''alignment'' ing ndhuwur bisa dadi évolusi saka sekuens kang padha "ccatgggcaac". Ing kaitané karo bab iki, ''alignment'' uga bisa nedahaké posisi-posisi kang dipertahankan (''conserved'') suwéné évolusi ing sekuens-sekuens [[protéin]], kang nedahaké yèn posisi-posisi mau bisa dadi wigati kanggo struktur utawa fungsi protéin mau. Saliyané iku, ''sequence alignment'' uga dipigunaaké kanggo nggolèki sekuens kang mèmper utawa padha ing [[basis data]] sekuens. BLAST ya iku métodhe ''alignment'' kang asring dipigunaaké ing panlusuran basis data sekuens. BLAST migunakaké algoritma [[heuristik]] ing panyusunan ''alignment''.

Bioinformatika: Béda antara owahan