Bioinformatika: Béda antara owahan
Konten dihapus Konten ditambahkan
c éjaan, replaced: yaiku → ya iku (20) using AWB |
éjaan using AWB |
||
Larik 31:
''Sequence alignment'' arupa metode dhasar ing analisis sekuens. Metode iki digunaaké kanggo nyinaoni [[évolusi]] sekuens-sekuens saka leluhur sing padha (''common ancestor''). Ora cocoké (''mismatch'') ing ''alignment'' diasosiasikaké kanthi prosès [[mutasi]], éwadéné kasenjangan (''gap'', tandha "–") diasosiasikaké kanthi prosès insersi utawa delesi. ''Sequence alignment'' mènèhi [[hipotesis]] marang prosès [[évolusi]] sing dumadi ing sekuens-sekuens kasebut. Umpamané, loro sekuens ing conto ''alignment'' ing ndhuwur bisa dadi évolusi saka sekuens sing padha "ccatgggcaac". Ing kaitané karo bab iki, ''alignment'' uga bisa nedahaké posisi-posisi sing dipertahankan (''conserved'') sakwéné évolusi ing sekuens-sekuens [[protein]], sing nedahaké yèn posisi-posisi kasebut bisa dadi wigati kanggo struktur utawa fungsi protein kasebut.
Saliyané iku, ''sequence alignment'' uga dipigunaaké kanggo nggolèki sekuens sing mèmper utawa padha ing [[basis data]] sekuens. BLAST ya iku
Sapérangan metode ''alignment'' liya sing ndhisiki BLAST ya iku metode "Needleman-Wunsch" lan "Smith-Waterman". Metode Needleman-Wunsch digunaaké kanggo nyusun '''''alignment'' global''' ing antarané loro utawa luwih sekuens, ya iku ''alignment'' kanggo sadawané sekuens kasebut. Metode Smith-Waterman ngasilaké '''''alignment'' lokal''', ya iku alignment kanggo bagéan-bagéan njero sekuens. Kaloro metode kasebut nerapaké [[pamrograman dinamik]] (''dynamic programming'') lan mung efektif kanggo ''alignment'' rong sekuens ('''''pairwise alignment''''')
Larik 37:
Clustal ya iku program bioinformatika kanggo ''alignment'' multipel ('''''multiple alignment'''''), ya iku ''alignment'' sapérangan sekuens sisan. Loro varian utama Clustal ya iku [http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ ClustalW] lan [http://bips.u-strasbg.fr/en/Documentation/ClustalX/ ClustalX].
Metode liya sing bisa ditrepaké kanggo ''alignment'' sekuens ya iku metode sing gegandhéngan karo '''''Hidden Markov Model''''' ("Modhél Markov Kadhelikaké", '''HMM'''). HMM iku modhèl statistika sing mula bukané dipigunaaké ing [[èlmu komputer]] kanggo ngenali wicaraning [[menungsa|Manungsa]] (''speech recognition''). Saliyané dipigunaaké kanggo alignment, HMM uga dipigunaaké ing metode-metode analisis sekuens liyané, kaya prediksi
=== Prédhiksi struktur protein ===
Larik 43:
Sacara kimia/fisika, wangun struktur [[protein]] didungkap kanthi [[kristalografi sinar-X]] utawa kanthi [[spektroskopi NMR]], nanging rong metode iki banget ngentèkaké wektu lan rélatif larang. Sauntara iku, metode [[sekuensing]] protein rélatif luwih gampang ndungkap [[sekuens]] [[asam amino]] protein. Prédhiksi struktur protein ngupaya ngramalaké struktur telung dimensi protein adhedhasar sekuens asam aminoné (kanthi tembung liya, ngramalaké struktur tersier lan struktur sékundhèr adhedhasar struktur primer protein). Sacara umum, metode prédhiksi struktur protein sing ana saiki bisa dikategoriaké dadi rong klompok, ya iku metode pamodhèlan protein komparatif lan metode pamodhèlan ''de novo''.
'''Pamodhèlan protein komparatif''' (''comparative protein modelling'') ngramalaké struktur sawijining protein adhedhasar struktur protein liya sing wis dimangertèni. Salah siji panrapan metode iki ya iku '''pamodhèlan homologi''' (''homology modelling''), ya iku prédhiksi struktur tersier protein adhedhasar pepadhan struktur primer protein. Pamodhèlan homologi didhasaraké ing [[teori]] yèn rong protein sing [[homolog]] nduwèni struktur sing mèmper banget siji lan sijiné. Ing metode iki, struktur sawijining protein (disebut protein target) ditemtokaké adhedhasar struktur protein liya (protein templat) sing wis dingertèni lan nduwèni kamèmperan sekuens karo protein target kasebut. Saliyané iku, panrapan liya pamodhèlan komparatif ya iku '''''protein threading''''' sing didhasaraké ing kamèmperan struktur tanpa kamèmperan sekuens primèr. Latar wingking ''protein threading'' ya iku struktur protein luwih dikonservasi tinimbang sekuens protein sakwéné évolusi;
Ing pandekatan '''''de novo''''' utawa ''ab initio'', struktur protein ditemtokaké saka sekuens primèré tanpa mbandhingaké karo struktur protein liya. Ana akèh kamungelan ing pandekatan iki, umpamané kanthi nirokaké prosès panglipetan (''folding'') protein saka sekuens primèré dadi struktur tersieré (umpamané kanthi simulasi [[dinamika molekular]]), utawa kanthi optimisasi global fungsi energi protein. Prosedur-prosedur iki luwih mbutuhaké prosès komputasi sing intens, saéngga saiki mung dipigunaaké nalika nemtokaké struktur protein-protein cilik. Sapérangan usaha wis dilakokaké kanggo ngatasi kakurangan sumber daya komputasi kasebut, umpamané kanthi [[superkomputer]] (umpamané superkomputer [[Blue Gene]] [http://www.research.ibm.com/bluegene/] saka [[IBM]]) utawa [[komputasi kadistribusi]] (''distributed computing'', umpamané proyèk [http://folding.stanford.edu/ Folding@home]) uga [[komputasi grid]].
Larik 52:
== Bioinformatika ing Indonésia ==
Saiki mata ajaran bioinformatika uga mata ajaran kanthi muatan bioinformatika wis diwulangaké ing sapérangan [[perguruan tinggi]] ing [[Indonésia]]. [http://www.sith.itb.ac.id Sekolah Èlmu lan Teknologi Hayati] [[ITB]] nawakaké mata kuliah "Pengantar Bioinformatika" kanggo program Sarjana lan mata kuliah "Bioinformatika" kanggo program Pascasarjana. Fakultas Teknobiologi [[Universitas Atma Jaya]], [[Jakarta]] nawakaké mata kuliah "Pengantar Bioinformatika". Mata kuliah "Bioinformatika" diwulangaké ing Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA [[Universitas
Riset bioinformatika protein dileksanakaké minangka bagéan saka aktivitas riset rékayasa protein ing Laboratorium Rekayasa Protein, Pusat Panlitèn Bioteknologi [[Lembaga Èlmu Pangetauan Indonésia]] (LIPI), [[Cibinong]], [[Bogor]]. [[Lembaga Biologi Molekul Eijkman]], Jakarta, sacara khusus nduwé laboratorium bioinformatika minangka fasilitas panunjang kagiyatan riseté. Saliyané iku, basis data sekuens DNA [[mikroorganisme]] asli Indonésia gèk dikembangaké ing UI.
| |||