Bioinformatika: Béda antara owahan
Konten dihapus Konten ditambahkan
éjaan, replaced: ningkataké → ngundhakaké, sacara → kanthi |
éjaan, replaced: kasebut → mau (21) |
||
Larik 8:
Kamajuan tèhnik [[biologi molekular]] kanggo ndungkap sekuens biologis saka [[protein]] (wiwit awal [[1950]]-an) lan [[asam nukleat]] (wiwit 1960-an) miwiti mekaring basis data lan tèhnik analisis sekuens biologis. Basis data sekuens protein wiwit dikembangaké taun [[1960]]-an ing [[Amérika Sarékat]], sauntara basis data sekuens DNA dikembangaké akir [[1970]]-an ing Amérika Sarékat lan [[Jerman]] (ing ''European Molecular Biology Laboratory'', Laboratorium Biologi Molekular [[Éropah]]). Panemon tèhnik [[sekuensing]] DNA sing luwih rikat ing tengah taun [[1970]]-an dadi landhesan dumadiné ledakan cacahé sekuens DNA sing kasil didungkapaké ing taun [[1980]]-an lan [[1990]]-an, dadi salah sawijining pambuka dalan kanggo proyèk-proyèk pandungkapan [[genom]], ngundhakaké kabutuhan marang panglolaan lan analisis sekuens, lan pungkasané njalari lairé bioinformatika.
Mekaré [[internet|internèt]] uga ndhukung mekaré bioinformatika. Basis data bioinformatika sing gumandhéng liwat internèt nggampangaké èlmuwan nglumpukaké asil sekuensing nuju basis data
== Panrapan utama bioinformatika ==
Larik 14:
Selaras kaliyan jinis informasi biologis sing disimpen, [[basis data]] sekuens biologis bisa arupa basis data primer kanggo nyimpen sekuens primer [[asam nukleat]] utawa [[protein]], basis data sékundhèr kanggo nyimpen motif sekuens [[protein]], lan basis data struktur kanggo nyimpen data struktur protein utawa asam nukleat.
Basis data utama kanggo sekuens [[asam nukleat]] saiki ya iku [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html GenBank] (Amérika Sarékat), [http://www.ebi.ac.uk/embl/ EMBL] (Éropah), lan [http://www.ddbj.nig.ac.jp/ DDBJ] (''DNA Data Bank of Japan'', [[Jepang]]). Katelu basis data
Sauntara iku, conto sapérangan basis data wigati sing nyimpen sekuens primer protein ya iku [http://pir.georgetown.edu/home.shtml PIR] (''Protein Information Resource'', Amérika Sarékat), [http://au.expasy.org/sprot/ Swiss-Prot] (Éropah), lan [http://www.ebi.ac.uk/trembl/ TrEMBL] (Éropah). Katelu basis data
[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ '''BLAST'''] (''Basic Local Alignment Search Tool'') arupa perkakas bioinformatika sing gumandhéng raket karo panggunaan basis data sekuens biologis. Panlusuran BLAST (''BLAST search'') ing basis data sekuens mungelaké èlmuwan kanggo nggolèki sekuens asam nukleat uga protein sing mèmper karo sekuens tinentu sing diduwèni. Bab iki migunani umpamané kanggo nemu [[gen]] sajenis ing sapérangan [[organisme]] utawa kanggo mriksa kaabsahan asil [[sekuensing]] uga kanggo mriksa fungsi gen asil sekuensing. [[Algoritma]] sing ndhasari makarya BLAST ya iku panyejajaran sekuens.
Larik 23:
=== Panyejajaran sekuens ===
'''Panyejajaran sekuens''' ('''''sequence alignment''''') ya iku prosès panyusunan/pangaturan loro utawa luwih [[sekuens]] saéngga pepadhan sekuens-sekuens
ccat---caac
Larik 29:
caatgggcaac
''Sequence alignment'' arupa métodhe dhasar ing analisis sekuens. Métodhe iki minangka nyinaoni [[évolusi]] sekuens-sekuens saka leluhur sing padha (''common ancestor''). Ora cocoké (''mismatch'') ing ''alignment'' diasosiasikaké kanthi prosès [[mutasi]], éwadéné kasenjangan (''gap'', tandha "–") diasosiasikaké kanthi prosès insersi utawa delesi. ''Sequence alignment'' mènèhi [[hipotèsis]] marang prosès [[évolusi]] sing dumadi ing sekuens-sekuens
Saliyané iku, ''sequence alignment'' uga dipigunaaké kanggo nggolèki sekuens sing mèmper utawa padha ing [[basis data]] sekuens. BLAST ya iku métodhe ''alignment'' sing asring dipigunaaké ing panlusuran basis data sekuens. BLAST migunakaké algoritma [[heuristik]] ing panyusunan ''alignment''.
Sapérangan métodhe ''alignment'' liya sing ndhisiki BLAST ya iku métodhe "Needleman-Wunsch" lan "Smith-Waterman". Métodhe Needleman-Wunsch minangka nyusun '''''alignment'' global''' ing antarané loro utawa luwih sekuens, ya iku ''alignment'' kanggo sadawané sekuens
Clustal ya iku program bioinformatika kanggo ''alignment'' multipel ('''''multiple alignment'''''), ya iku ''alignment'' sapérangan sekuens sisan. Loro varian utama Clustal ya iku [http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ ClustalW] lan [http://bips.u-strasbg.fr/en/Documentation/ClustalX/ ClustalX].
Larik 43:
Sacara kimia/fisika, wangun struktur [[protein]] didungkap kanthi [[kristalografi sinar-X]] utawa kanthi [[spektroskopi NMR]], nanging rong métodhe iki banget ngentèkaké wektu lan rélatif larang. Sauntara iku, métodhe [[sekuensing]] protein rélatif luwih gampang ndungkap [[sekuens]] [[asam amino]] protein. Prédhiksi struktur protein ngupaya ngramalaké struktur telung dimensi protein adhedhasar sekuens asam aminoné (kanthi tembung liya, ngramalaké struktur tersier lan struktur sékundhèr adhedhasar struktur primer protein). Lumrahé, métodhe prédhiksi struktur protein sing ana saiki bisa dikategoriaké dadi rong golongan, ya iku métodhe pamodhèlan protein komparatif lan métodhe pamodhèlan ''de novo''.
'''Pamodhèlan protein komparatif''' (''comparative protein modelling'') ngramalaké struktur sawijining protein adhedhasar struktur protein liya sing wis dingertèni. Salah siji panrapan métodhe iki ya iku '''pamodhèlan homologi''' (''homology modelling''), ya iku prédhiksi struktur tersier protein adhedhasar pepadhan struktur primer protein. Pamodhèlan homologi didhasaraké ing [[téyori]] yèn rong protein sing [[homolog]] duwé struktur sing mèmper banget siji lan sijiné. Ing métodhe iki, struktur sawijining protein (ingaran protein target) ditemtokaké adhedhasar struktur protein liya (protein templat) sing wis dingertèni lan duwé kamèmperan sekuens karo protein target
Ing pandekatan '''''de novo''''' utawa ''ab initio'', struktur protein ditemtokaké saka sekuens primèré tanpa mbandhingaké karo struktur protein liya. Ana akèh kamungelan ing pandekatan iki, umpamané kanthi nirokaké prosès panglipetan (''folding'') protein saka sekuens primèré dadi struktur tersieré (umpamané kanthi simulasi [[dinamika molekular]]), utawa kanthi optimisasi global fungsi ènergi protein. Prosedur-prosedur iki luwih mbutuhaké prosès komputasi sing intens, saéngga saiki mung dipigunaaké nalika nemtokaké struktur protein-protein cilik. Sapérangan usaha wis dilakokaké kanggo ngatasi kakurangan sumber daya komputasi
=== Analisis èksprèsi gen ===
[[Gambar:Bcr746-2-l.jpg|thumb|right|Analisis klastering èksprèsi gen ing [[kanker payudara]]]]
[[Ekspresi genetik|Ekspresi gen]] bisa ditemtokaké kanthi ngukur kadar [[mRNA]] kanthi manéka warna tèhnik (umpamané kanthi [http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_microarray ''microarray''] utawa uga [http://en.wikipedia.org/wiki/Serial_Analysis_of_Gene_Expression ''Serial Analysis of Gene Expression''] ["Analisis Serial Ekspresi Gen", SAGE]). Teknik-tèhnik
== Bioinformatika ing Indonésia ==
|