Sekuen pengenalan utawi asring dipunsebat ugi situs pengenalan punika sekuen DNA ingkang dados panggènan nempele enzim restriksi lan nglampahi pemotongan ing sekuen mau.<ref name="Pray"/> ndawa sekuen tepangan enzim restriksi bènten-bènten, kadastakados ta enzim [[EcoRI]], [[SacI]], lan [[SstI]] gadah sekuen tepangan ndawanipun enem pasang basa, manawi Notl wolung pasang basa, lan Sau3AI namung sekawan pasang basa.<ref name="Pray"/> katahipun saking enzim restriksi asifat [[palindromik]] (''palindromic'') ing punika sekuen tepangan sami manawi diwaos saking 5’<math>\rightarrow</math>3’ manawi utas inggil utawi utas ngandap.<ref name="Pray"/> Contohnya ya iku HindIII dengan situs pengenalan 5’-AAGCTT-3’ (utas atas)/3’-TTCGAA-5’ (utas bawah).<ref name="Pray">Pray LA. 2008. Restriction Enzymes. [terhubung berkala]. http://www.nature.com/scitable/topicpage/Restriction-Enzymes-545 [3 Nopember 2012].</ref>
Enzim restriksi ingkang bènten, saged gadhah situs tepangan ingkang sami, tuladhanipun: SacI lan SstI.<ref name="Bowen"/> Ezim ingkang gadhah situs tepangan ingkang sami dipunsebat kaliyan istilah ''[[isoschizomers]]''.<ref name="Bowen"/> ing pinten-pinten kasus, ''isoschizomers'' ugi motong DNA ing panggènan ingknag sami, ananging pinten-pinten boten makaten.<ref name="Bowen"/>
Situs pengenalan ing enzim restriksi saged pasti utawi [[ambigu]].<ref name="Bowen"/> kadastakados ta tuladha ing BamHI, enzim punika sampun pasti motong ing sekuen GGATCC.<ref name="Bowen"/> ananging punika, situs pengenalan HinfI inggih punika GANTC.<ref name="Bowen"/> ing situs pemotongan HinfI punika saged gantos kaliyan [[basa]] punapa kemawon, punika ingkang dipunsebat kaliyan situs ambigu<ref name="Bowen"/>. Tuladha sanès situs ambigu inggih punika XhoII.<ref name="Bowen"/> Enzim punika gadhah situs pemotongan PuGATCPy.<ref name="Bowen"/> Pu merupakan singkatan dari [[purin]] (basa A atau G), sedangkan Py merupakan singkatan dari [[pirimidin]] (''pyrimidine'') (basa T atau C).<ref name="Bowen"/> Jadi XhoII dapat mengenali dan memotong sekuen AGATCT, AGATCC, GGATCT dan GGATCC.<ref name="Bowen"/>
