Bioinformatika: Béda antara owahan
Konten dihapus Konten ditambahkan
éjaan, replaced: kasebut → mau (21) |
c ngganti tembung, replaced: dimensi → dhimènsi (4) using AWB |
||
Larik 20:
[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ '''BLAST'''] (''Basic Local Alignment Search Tool'') arupa perkakas bioinformatika sing gumandhéng raket karo panggunaan basis data sekuens biologis. Panlusuran BLAST (''BLAST search'') ing basis data sekuens mungelaké èlmuwan kanggo nggolèki sekuens asam nukleat uga protein sing mèmper karo sekuens tinentu sing diduwèni. Bab iki migunani umpamané kanggo nemu [[gen]] sajenis ing sapérangan [[organisme]] utawa kanggo mriksa kaabsahan asil [[sekuensing]] uga kanggo mriksa fungsi gen asil sekuensing. [[Algoritma]] sing ndhasari makarya BLAST ya iku panyejajaran sekuens.
[http://www.rcsb.org/pdb/ PDB] (''Protein Data Bank'', Bank Data Protein) ya iku basis data tunggal sing nyimpen modhèl struktural telung
=== Panyejajaran sekuens ===
Larik 41:
=== Prédhiksi struktur protein ===
[[Gambar:Hemagglutinin molecule.png|thumb|right|Modhèl protein hemaglutinin saka [[virus]] [[influensa]]]]
Sacara kimia/fisika, wangun struktur [[protein]] didungkap kanthi [[kristalografi sinar-X]] utawa kanthi [[spektroskopi NMR]], nanging rong métodhe iki banget ngentèkaké wektu lan rélatif larang. Sauntara iku, métodhe [[sekuensing]] protein rélatif luwih gampang ndungkap [[sekuens]] [[asam amino]] protein. Prédhiksi struktur protein ngupaya ngramalaké struktur telung
'''Pamodhèlan protein komparatif''' (''comparative protein modelling'') ngramalaké struktur sawijining protein adhedhasar struktur protein liya sing wis dingertèni. Salah siji panrapan métodhe iki ya iku '''pamodhèlan homologi''' (''homology modelling''), ya iku prédhiksi struktur tersier protein adhedhasar pepadhan struktur primer protein. Pamodhèlan homologi didhasaraké ing [[téyori]] yèn rong protein sing [[homolog]] duwé struktur sing mèmper banget siji lan sijiné. Ing métodhe iki, struktur sawijining protein (ingaran protein target) ditemtokaké adhedhasar struktur protein liya (protein templat) sing wis dingertèni lan duwé kamèmperan sekuens karo protein target mau. Saliyané iku, panrapan liya pamodhèlan komparatif ya iku '''''protein threading''''' sing didhasaraké ing kamèmperan struktur tanpa kamèmperan sekuens primèr. Latar wingking ''protein threading'' ya iku struktur protein luwih dikonservasi tinimbang sekuens protein suwéné évolusi; laladan-laladan sing wigati kanggo fungsi protein dipertahankan strukturé. Ing pandekatan iki, struktur sing paling kompatibel kanggo sawijining sekuens asam amino dipilih saka kabèh jinis struktur telung
Ing pandekatan '''''de novo''''' utawa ''ab initio'', struktur protein ditemtokaké saka sekuens primèré tanpa mbandhingaké karo struktur protein liya. Ana akèh kamungelan ing pandekatan iki, umpamané kanthi nirokaké prosès panglipetan (''folding'') protein saka sekuens primèré dadi struktur tersieré (umpamané kanthi simulasi [[dinamika molekular]]), utawa kanthi optimisasi global fungsi ènergi protein. Prosedur-prosedur iki luwih mbutuhaké prosès komputasi sing intens, saéngga saiki mung dipigunaaké nalika nemtokaké struktur protein-protein cilik. Sapérangan usaha wis dilakokaké kanggo ngatasi kakurangan sumber daya komputasi mau, umpamané kanthi [[superkomputer]] (umpamané superkomputer [[Blue Gene]] [http://www.research.ibm.com/bluegene/] saka [[IBM]]) utawa [[komputasi kadistribusi]] (''distributed computing'', umpamané proyèk [http://folding.stanford.edu/ Folding@home]) uga [[komputasi grid]].
| |||